iTRAQ同位素标记差异蛋白分析技术
iTRAQ技术（同位素相对标记与绝对定量技术）是目前进行蛋白质组研究的最新技术,可以一次实现上千种蛋白质的分离和鉴定，具有定量效果好、重复性好等多种优点。
蛋白样本制备、免疫组化、双向电泳、蓝色温和胶电泳系统分离蛋白质复合体、图像分析、胶内酶切、蛋白质鉴定、数据库查询与结果分析、免疫印迹及磷酸化蛋白质检测
北京蛋白质组研究中心功能蛋白质组研究技术平台可承接单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务。
染色质免疫共沉淀测序（ChIP seq）
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。
修饰技术-N糖基化Label Free标记定量
蛋白质在酶的作用下被连接上糖链的修饰类型。细胞内超过50% 的蛋白质都修饰有糖链。N- 糖基化是指糖链连接于天冬酰胺（Asn）残基上的糖基化形式，参与细胞识别、免疫应答、细胞分化等生命活动
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。