绝对定量蛋白质组学（MRM）
利用MRM技术与同位素稀释相结合，通过对比已知浓度的标记标准品与待测样子目标离峰面积信息，从而推算分析物含量。具有灵敏度高、重现性好、准确度高和通量高等技术优势。
相对定量蛋白质组学（Label Free）
非标记定量技术（Label Free）用来比较的样品不经过任何标记，直接酶解后经过质谱分析产生数据。Label Free技术减少了前处理过程中的样品损失，在肽段的检测和蛋白质覆盖率方面具有优势；
磷酸化蛋白质鉴定和定量
对样本进行酶解，TiO2或IMAC富集磷酸化肽段，5600-plus质谱检测，利用得到的质谱谱图与数据库搜索比较，从而得到肽段序列结果，计算出磷酸化位点。磷酸化蛋白选择iTRAQ定量或SWATH定量
蛋白组学分析-肽质量指纹谱技术
蛋白质组学是当前生命科学研究的前沿领域。对蛋白质快速、准确的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的关键性的一步。采用MALDI-TOF-MS测得肽质量指纹谱（PMF）在数据库中查询识别的方式鉴定蛋白质，是目前蛋白质组学研究中最普遍应用的最主要的鉴定方法。