肿瘤新抗原（neoantigen）是癌细胞发生基因突变后产生的、只在肿瘤细胞上表达的独特肽段，具备高度特异性和免疫原性，是癌症个体化免疫治疗的核心靶点。如何精准、高通量地筛选真实呈递的新抗原，成为肿瘤疫苗、TCR-T细胞疗法等开发的关键挑战。新抗原预测方法依赖体细胞突变 + MHC结合预测算法，但这种间接预测的方式存在显著局限：预测结果假阳性率高，且无法判断肽段是否真正被MHC分子加工并呈递于细胞表面。肿瘤免疫肽组学（Immunopeptidomics），通过高分辨率质谱直接鉴定MHC结合肽，成为突破新抗原发现瓶颈的关键技术路径。

一、什么是肿瘤免疫肽组学？

肿瘤免疫肽组学是一种研究细胞表面MHC分子呈递肽段组成与变化的质谱组学方法，能够：

• 直接从肿瘤组织或细胞中提取MHC复合物
• 释放其中结合的短肽（8–15 aa）
• 利用高灵敏度质谱系统（如Orbitrap Fusion Lumos、timsTOF SCP）进行鉴定
• 构建真实的免疫肽图谱（Immunopeptidome）

这种方法能够绕开生物信息学预测的不确定性，直接获取在体内被MHC呈递的新抗原候选肽段，更贴近真实免疫环境。

二、免疫肽组相比新抗原预测的优势

在免疫治疗研发过程中，尤其是肿瘤个体化疫苗或TCR识别靶点开发，免疫肽组可以显著提升新抗原验证的效率与精准度。

三、免疫肽组研究流程及关键技术要点

1、样本准备：高质量肿瘤组织或细胞株

组织样本建议尽量新鲜，或采用冷冻组织，避免反复冻融；部分研究也会使用肿瘤类器官或人源化细胞模型。

2、MHC免疫共沉淀（IP）

使用针对特定MHC I类或II类的单克隆抗体（如W6/32）进行免疫沉淀，富集MHC复合物。

3、肽段释放与纯化

通过酸洗释放MHC结合肽，使用C18柱或StageTip纯化短肽，去除杂质和大分子蛋白。

4、LC-MS/MS鉴定

使用高分辨率质谱仪，如Orbitrap Fusion Lumos、Exploris 480、Bruker timsTOF SCP等，结合针对短肽优化的LC梯度，提高检测灵敏度。

5、数据分析与新抗原筛选

• 将鉴定到的肽段比对参考蛋白数据库
• 结合WES/WGS/SNV等数据比对突变位点
• 精准定位潜在新抗原肽段

四、免疫肽组在肿瘤免疫中的典型应用场景

1、个体化肿瘤疫苗设计

通过患者自身肿瘤组织识别真实新抗原肽，设计个体化疫苗，更具靶向性和免疫原性。

2、TCR-T靶点筛选

确认哪些突变肽被MHC I类分子呈递，可用于TCR识别靶点开发，提高T细胞疗效。

3、抗药性机制研究

某些耐药机制涉及MHC表达下调或肽呈递异常，免疫肽组可用于动态监测抗原呈递变化。

4、药物反应预测生物标志物

通过免疫肽组谱分析，寻找与免疫治疗应答相关的呈递肽段，辅助临床分型与用药指导。

五、挑战与未来趋势

尽管免疫肽组为新抗原发现提供了革命性工具，但仍面临以下挑战：

• MHC类分子表达水平低，富集效率有限
• 短肽质谱分析灵敏度要求极高
• 数据分析标准尚未统一，跨平台可比性待提升

未来，随着更高灵敏度质谱平台、AI辅助肽段识别算法、免疫数据库整合的发展，免疫肽组有望成为癌症免疫精准医学的核心技术之一。

作为生命科学高通量平台服务提供商，百泰派克生物科技已构建完善的肿瘤免疫肽组学研究平台，提供：

• 高通量MHC免疫沉淀与肽段鉴定
• HLA高分辨率分型与个体化建库
• 数据整合 + 新抗原筛选 + 定制报告服务

助力科研人员、制药企业加速推进个体化癌症免疫治疗开发。如果您有样本检测或课题合作需求，欢迎联系百泰派克生物科技获取一对一技术咨询！

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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